Adicionar comentários do Facebook em um website é uma excelente idéia, já que isso pode adicionar conteúdo relevante ao usuário, além é claro do fato de existir uma aplicação já pronta pra isso (poupando tempo de desenvolvimento) e que inclusive oferece mostrar os comentários conforme reputação do usuário.
Outro ponto interessante em embedar comentários do Facebook é porque ele oferece uma barreira de ação bastante baixa já que o Facebook tem uma base muito grande de usuários, mesmo no Brasil e também possui políticas bastante rígidas, isso se traduz garantindo que você tenha menos problemas com spam já que os usuários precisam se registrar a ele antes de escrever.
Facebook vs SEO: iframe não indexa no Google
Tudo isso acima é muito interessante, mas perde bastante utilidade se todo esse conteúdo gerado por usuários não se torna parte do seu site, agregando valor a cada página fazendo que esta seja beneficiada no índex do Google, acho bastante injusto, já que apesar de você se aproveitar da API deles para facilitar a entrada de comentários a discussão só ocorreu por causa do site externo.
Mas como a maioria já sabe Facebook e Google não se bicam muito…
Seja relevante isso ou não, esse conteúdo não é indexado porque os comentários do Facebook são renderizados em um iframe, que não é lido pelo spider do Google, em outras palavras aqueles comentários que você pode ler estão na verdade em uma URL criada dentro do Facebook.
Se tiver dúvidas pode simplesmente digitar a URL de uma página que contenha essa feature no Google, verificar a versão em cache desta página e depois a versão somente em texto disso que é exatamente a forma que o Google indexa aquela determinada página.
Indexando os comentários do Facebook usando PHP
Tornar esse conteúdo indexável é normalmente responsabilidade do desenvolvedor backend, basicamente ele deve desenvolver um script que encontre a URL gerada pela discussão, com o pequeno diferencial que ele gera o conteúdo de forma cronológica ao invés de considerar algum fator social de rankeamento como os comentários via iframe.
Aqui vai um script PHP para postar eles assim.
E como eles são posteriormente indexados.
Ah e se você tiver algum script ou algo a contribuir em outra linguagem será bem-vindo!